История села началась со строительства железнодорожной ветки «Каргатская» от станции Кокошино в 1922 году. Руководил строительством инженер Калугин. В 1926 году она была передана под надзор станции Чулымская расширялась по мере освоения лесосырьевой базы. На 77 километре от станции Кокошино инженер Протопопов при записи отметок увидел пенек, сел на него и так решил назвать будущую станцию. В 1929 году для вывоза леса-кругляка начали строить одноколейную железную дорогу Кокошино-Пихтовка. В 1930 году была построена контора (начальник – Халин), в 1936 году - подсобные помещения для подвижного состава, а также клуб, баня, гараж, больница, хлебопекарня, школа, интернат. В эти же годы началось строительство кирпичного завода по производству кирпича для собственного строительства. Завод действовал до начала 50-х годов. На территории станции Пенек функционировали железнодорожные службы, Верх-Каргатский лесопункт леспромхоза «Пихтовский», ферма № 5 мясомолочного совхоза «Кокошинский», лесничество Чулымского мехлесхоза.
В феврале 1982 года ферма № 5 была реорганизована, и на ее базе открылось подсобное хозяйство треста Мелиоводстрой «Мелиоратор». Хозяйство занималось не только производством мяса, овощей для своих работников, но и вело большое строительство объектов соцкультбыта. Было построено 10 2-х квартирных домов блочного типа, магазин повседневных товаров, трассовая мастерская, животноводческий комплекс, молокоприемный пункт, а также велось дорожное строительство, строительство осушительных систем.
С развитием рыночных отношений подсобное хозяйство не раз сменило собственника, а в 1996 году было ликвидировано полностью. В 1996 был ликвидирован леспромхоз. В ноябре 1997 года была закрыта железнодорожная ветка на маршруте Кокошино - Пихтовка.
